La mayoría de los sistemas operativos manejan su propio sistema de archivos.
Windows: Soporta FAT, FAT12, FAT16, FAT32, NTFS, exFAT y ReFS
Linux: Soporta ext2, ext3 y ext4, XFS, JSF, ReiserFS y btrfs
A continuación se explicarán brevemente los sistemas de archivos:
FAT12: Es un sistema de archivos para disquete. No soporta anidación de carpeta. Las direcciones de bloque solamente contienen 12 bits. El tamaño del disco se almacena como una cuenta de 16 bits expresada en sectores, lo que limita el espacio manejable a 32 megabytes.
FAT16: El tamaño de la partición ahora estaba limitado por la cuenta de sectores por clúster, que era de 8 bits. Esto obligaba a usar clusters de 32 Kbytes con los usuales 512 bytes por sector. Así que el límite definitivo de FAT16 se situó en los 2 gigabytes.
FAT32: Se utilizan direcciones de cluster de 32 bits. En teoría, esto debería permitir aproximadamente tamaños de almacenamiento cercanos a los ocho terabytes. Sin embargo, debido a limitaciones en la utilidad ScanDisk de Microsoft, no se permite que FAT32 crezca más allá de 4.177.920 clusters por partición (es decir, unos 124 gigabytes). Posteriormente, Windows 2000 y XP situaron el límite de FAT32 en los 32 gigabytes. El tamaño máximo de un archivo en FAT32 es 4 gigabytes.
exFAT: Permite utilizar archivos de más de 4 gigabytes.
NTFS: Permite definir el tamaño del clúster, a partir de 512 bytes (tamaño mínimo de un sector) de forma independiente al tamaño de la partición. Es un sistema adecuado para las particiones de gran tamaño requeridas en estaciones de trabajo de alto rendimiento y servidores puede manejar volúmenes de, teóricamente, hasta 2^64–1 clústeres. En la práctica, el máximo volumen NTFS soportado es de 2^32–1 clústeres (aproximadamente 16 TiB usando clústeres de 4 KiB).
Su principal inconveniente es que necesita para sí mismo una buena cantidad de espacio en disco duro, por lo que no es recomendable su uso en discos con menos de 400 MiB libres.
ext2: Los límites son un máximo de 2 terabytes de archivo, y de 4 para la partición.
ext3: Tiene la ventaja de permitir actualizar de ext2 a ext3 sin perder los datos almacenados ni tener que formatear el disco. Tiene un menor consumo de CPU y está considerado más seguro que otros sistemas de ficheros en Linux dada su relativa sencillez y su mayor tiempo de prueba.
ext4: Las principales mejoras son: Soporte de volúmenes de hasta 1024 PiB. Soporte añadido de extent. Menor uso del CPU. Mejoras en la velocidad de lectura y escritura.
XFS: Sistema de archivos de 64 bits con journaling de alto rendimiento creado por SGI. Soporta un sistema de archivos de hasta 9 exabytes, aunque esto puede variar dependiendo de los límites impuestos por el sistema operativo. En sistemas GNU/Linux de 32 bits, el límite es 16 terabytes.
JFS: Sistema de archivos de 64-bit con respaldo de transacciones creado por IBM. Tiene una dimensión máxima de archivo de 4PiB y un tamaño máximo de volumen de 32Pi.
Btrfs: Sistema de archivos copy-on-write, anunciado por Oracle para GNU/Linux. Tiene una dimensión máxima de archivo de 16EiB y una dimensión de volument máxima de 16EiB. Copy on wirte permite crear una copia de un recursos cuando es solicitado por varios procesos, evitando asi que uno modifique la información utilizada por otro
Fuente: http://en.wikipedia.org/wiki/File_system#Microsoft_Windows
Fuente: http://es.wikipedia.org/wiki/Tabla_de_asignaci%C3%B3n_de_archivos
Fuente: http://www.cecalc.ula.ve/bioinformatica/UNIX/node10.html
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